W zakresie partnerstwa z Microsoft firma Prointegra posiada najwyższy status – Microsoft Gold Certified Partner, potwierdzony kompetencjami w 6 kategoriach:

• Advanced Infrastructure Solution, potwierdzone umiejętności w zakresie projektowanie i wdrażanie wysokodostępnych rozwiązań opartych na Active Directory i Microsoft Identity Integration Server, zaawansowane rozwiązania migracji lub wdrożenia Microsoft Exchange Server, rozwiązania zarządzania bazami danych, ich migracji i konsolidacji serwerów Microsoft SQL Server 2000, projekty i wdrożenia rozwiązań zarządzania systemami oparte na Microsoft Systems Management Server i Microsoft Operations Manager, prowadzenie wysokiej jakości usług w oparciu o Microsoft oraz Microsoft .NET

• Network Infrastructure Solution, potwierdzone umiejętności w zakresie implementacji rozwiązań technicznych bazujących na systemach Microsoft Windows 2003 Server lub Windows 2000 Server

• Information Worker Solution, przeznaczona dla partnerów tworzących rozwiązania współpracy i pracy grupowej, obejmujące swoim zakresem specjalizacje w dostarczaniu rozwiązań opartych na Microsoft Office System, Microsoft Office SharePoint Portal Server, Windows SharePoint Services i Microsoft Content Management Server, Microsoft Exchange Server, Office Live Communications Server 2003

• Security Solutions - kompetencja ta wyróżnia firmy specjalizujące się w tworzeniu opartych na technologiach Microsoft rozwiązań chroniących zasoby IT klientów. Rozwiązania te dotyczą następujących zagadnień: zasady zabezpieczeń — zarządzanie, nadzór, zachowanie zgodności i realizacja, usługi projektowania i wdrażania infrastruktury zabezpieczeń, rozwiązania bezpieczeństwa sieciowego i zarządzania strefami zabezpieczeń, zarządzanie tożsamościami i dostępem w ramach zapewnienia usług uwierzytelniania, autoryzacji i kontroli dostępu, usługi obejmujące hosting i pomoc techniczną

• Unified Communication Solutions - przeznaczona jest dla partnerów specjalizujących się w planowaniu, wdrażaniu i administrowaniu opartymi na Microsoft Exchange Server, Office Communicator i Office Communications Server rozwiązaniami poczty elektronicznej, kalendarzy, obecności elektronicznej, wiadomości błyskawicznych, komunikacji zunifikowanej, zarządzania połączeniami VoIP oraz prowadzenia telekonferencji, wideokonferencji i konferencji internetowych

• Custom Development Solutions - jest przeznaczona dla partnerów, którzy dostarczają wyjątkowe rozwiązania dla klientów poprzez tworzenie oprogramowania, zapewnianie jakości aplikacji (testowanie) i architekturę aplikacji; jest przeznaczona dla partnerów tworzących rozwiązania na zamówienie z wykorzystaniem oprogramowania i narzędzi programistycznych Microsoft.